Todos los involucrados en el sistema FLO hacen sus aportaciones para cubrir los costes de dicho sistema. Aunque aún esté parcialmente financiado de forma externa, la mayor parte de los costes del sistema FLO la cubren las Iniciativas Nacionales, las cuales cobran una cuota a sus licenciatarios por el uso del sello de Comercio Justo. Esto costea los gastos de mercadeo de las Iniciativas Nacionales, y parte de ello llega a FLO mediante las contribuciones anuales de las Iniciativas Nacionales. Los licenciatarios registrados con las Iniciativas Nacionales no pagan a FLO.

Una pequeña parte de los costes es compensada por las organizaciones de productores y los comerciantes registrados por FLO. Las organizaciones de productores pagan por la certificación, y adicionalmente abonan una cuota anual que depende del volumen de sus ventas bajo condiciones de Comercio Justo. Los comerciantes registrados FLO también realizan una contribución basada en su facturación total anual.

Los comerciantes repercuten sobre los consumidores el precio superior y la prima de Comercio Justo que abonan a los productores y al sistema FLO. El flujo financiero recorre el camino desde el consumidor, que compra el producto, al productor. Al fin y al cabo, el impacto del Comercio Justo depende siempre de la buena voluntad y lealtad del consumidor. El precio de venta superior del producto de Comercio Justo contribuye al desarrollo de las organizaciones de productores. La Certificación FLO contribuye al fortalecimiento de las organizaciones certificadas al facilitar el acceso de éstas a los mercados internacionales, y al apoyar el comercio sostenible.

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